Bei einem konventionellen Fluoreszenzmikroskop(links) wird das Anregungslicht über einen
dichroischen Spiegel auf das Objekt reflektiert. Das längerwellige Emissionslicht passiert den Spiegel
und gelangt so ins Okular.
Beim konfokalen Fluoreszenzmikroskop ist der Strahlengang ganz ähnlich (rechts). Allerdings wird das Anregungslicht vor
dem dichroischen Spiegel durch eine Lochblende geführt. Auch das emittierte Fluoreszenzlicht muß durch eine Lochblende bevor
es vom Detektor, einem Photomultiplier (PMT) registriert wird. Bei dieser Epifluoreszenz-Anordung entfällt also die
"Kondensor"-Linse, die beim konfokalen Durchlichtmikroskop nötig ist. Beide Lochblenden sowie
ein Punkt in der Brennebene der Linse (rot) sind konfokal. Licht aus der Brennebene gelangt deshalb zum PMT, während Licht aus
Objektschichten oberhalb (grün) und unterhalb (blau) der Brennebene ausgeblendet wird.
Hier ist nur die optische Konfiguration für die Abbildung eines Punktes gezeigt. Um ein komplettes Bild des Objekts zu erhalten,
muß der Lichtstrahl mit Hilfe einer Scanning-Einheit Punkt für Punkt über das Objekt
bewegt werden. Aus den dabei aufgenommenen Einzelpunkten wird dann im Rechner ein Bild rekonstruiert.
