Zielgensequenzen werden so verändert, daß Exonbereiche links und rechts von loxP-Elementen flankiert sind. Diese "gefloxten" Gene werden in der transgenen Maus normal exprimiert solange kein Cre-Enzym vorhanden ist. Die Cre-Integrase wird in eine zweite transgene Maus eingebracht. Heute sind viele Mauslinien verfügbar, die Cre zelltypspezifisch exprimieren. Wird die "gefloxte" und die Cre Maus miteinander gekreuzt, so wird in den Nachkommen das Rekombinationssystem aktiviert und das gefloxte Zielgen-Exon wird ausgeschaltet. Die Bedeutung des Genausfalls kann durch die Wahl entsprechender Cre-Mäuse entwicklungs- und/oder gewebespezifisch untersucht werden.
Abb. aus: Eickhoff, B. BioTec2, 2000; Lottspeich und Zorbas, "Bioanalytik", Spektrum Verlag, 1998
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